復次曼殊室利。若諸有情。好喜乖離更相斗訟惱亂自他。

　　以身語意造諸惡業。展轉常為不饒益事。

　　互相謀害告召山林樹冢等神殺諸眾生取其血肉祭祀藥叉羅剎神等。

　　書怨人名或作形像。以惡咒術而咒詛之。

　　厭魅蠱道咒起死屍。令斷彼命及壞其身。

　　是諸有情若得聞此藥師琉璃光如來名號。彼諸惡緣悉不能害。

　　一切展轉皆起慈悲。利益安樂無.損惱意及嫌恨心。於自所有常生喜足

　　時彼世尊入三摩地。名曰滅除一切眾生苦惱。

　　既入定已。於肉髻中出大光明。光中演說大陀羅尼咒曰

　　南谟薄伽伐帝鞞殺社窭噜薜琉璃缽喇婆曷羅闍也

　　呾他揭多也阿羅喝帝三藐三勃陀也

　　呾侄他

　　唵 鞞殺逝 鞞殺逝 鞞殺社 三沒揭帝莎诃

　　爾時光中說此咒已。大地震動放大光明。一切眾生病苦皆除受安隱樂。

　　曼殊室利。若見男子女人有病苦者。

　　應當一心為彼病人清淨澡漱或食或藥或無蟲水咒一百八遍與彼服食。

　　所有病苦悉皆消滅。若有所求指心念誦。皆得如意無病延年。

　　命終之後生彼世界。得不退轉。乃至菩提。

　　是故曼殊室利若有男子女人。於彼藥師琉璃光如來。

　　至心殷重恭敬供養者。常持此咒勿令廢忘

　　藥師咒義:

　　<南谟>譯皈依,或敬禮.

　　<薄伽伐帝>,即薄伽梵,世尊之義.

　　<鞞殺社窭噜>,即藥師.

　　<薜琉璃缽喇婆曷羅闍也>,即琉璃光.

　　<呾他揭多也>,即如來.

　　<阿羅喝帝>,譯應,即應供.

　　<三藐三勃陀也>,譯正等正覺.

　　故連合之,即<皈依世尊藥師琉璃光如來應供正等正覺>.

　　<呾侄他>乃是即說咒曰之義.

　　自唵至莎诃,方是藥師咒之正文

　　<唵>字應讀<翁>音

　　咒為總持,<唵>為總持之總持,故一切經咒,皆冠以<唵>字

　　<鞞殺逝 鞞殺逝>,為藥之,藥之之義,是醫治義,做動詞用.

　　<鞞殺社>,為藥義,當名詞.

　　<鞞殺逝 鞞殺逝 鞞殺社>,合為<以藥藥之>之藥.

　　<三沒揭帝>,即普度之義.

　　<莎诃>,為速疾成就之義.

　　故連合之,即<以藥普渡一切眾生病苦之大願速得成就>.

　　全咒之義為

　　<皈依世尊藥師琉璃光如來應供正等正覺

　　以藥普渡一切眾生病苦之大願速得成就>

　　節錄自<藥師本願經講記>-太虛大師著

　　南無佛陀耶 南無達摩耶 南無僧伽耶