以下為藥師咒咒文及注音標識。括號內為注音標識：

　　南谟薄伽伐帝。鞞殺社。窭噜薛琉璃。 (nā mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。)

　　缽喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。 (bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。)

　　阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。 (ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。)

　　唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎诃。 (ōng。pí shā shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō hē。)

　　發音注解：

　　南谟：讀作(nā那 mó摩)，或讀(ná拿 mó摩)(今人讀此音居多)，是“南無”的不同音譯詞。

　　薄：讀音為(bó伯)。

　　鞞：有三種讀法：(pí皮)、(bǐ比)、(bǐng丙)。這裡念(pí皮)比較合適。因鞞通毗，“鞞殺社”，也譯成“毗煞社”;“阿鞞跋致”，也譯成“阿毗跋致”;“鞞嚧社那”，也譯成“毗盧捨那”。(見《佛學大辭典》。)

　　窭：讀作(jù巨)。

　　薜：讀(bì畢)。

　　喇：古讀(là辣)，見《康熙字典》、《中華大字典》：音辣。今讀(lǎ)(lā)(lá)。

　　喝啰阇也：此句中的“喝”，應讀成(hé合)，古音“合”。

　　阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以應該讀作(hē诃)。

　　啰：各地多讀成(là辣)，此字與喇通假。

　　阇：讀作(shé蛇)。

　　怛(dá答)他(tuō拖)揭多也。

　　怛(dá答)侄(zhí直)他(tuō拖)。

　　唵：讀(ōng嗡)或讀(ǎn俺)。藏語系佛教讀(ōng嗡)音，漢語系佛教多讀(ǎn俺)音。

　　三沒(mó古音模)揭帝莎(suō通娑)诃。