科學研究發現，水分子是由六角、五角、四角等形態的眾多分子團緊密連在一起構成的。但只有六角形的水分子，才是自然界中最清潔、最美麗的原始「生命活水」。六角形是由六個水分子組成，其本身結構非常穩定，一般也不會與其它分子粘合，所以它的分子團非常細小、活潑，有很好的溶解力、滲透力、代謝力和擴散力，它能輕易穿透生物體的細胞外膜，將氧氣、養分、礦物質等微量元素帶進細胞。它同時有易和人體垃圾附著的特性，從而可使生物體內的廢物順利排出體外。而其它形式的水分子，因很容易和周圍的物質結合故體積較大，因而不易進入細胞發揮其滋養人體的作用。

科學研究還證實：水在人體中不僅參與所有營養物質的代謝，而且參與遺傳物質的重組；水不但是物質代謝的媒體，而且還是信息傳遞的載體。但如果我們體內的垃圾不能及時排除，如果我們體內的細胞得不到充分的養分，那麼就會使人體加速衰老甚至患病。而對一個健康的人體來說，「生命活水」的總量應保持的一半以上，初生嬰兒體內的水幾乎都是美麗的六角形。但隨著年齡的增長，體內的「生命活水」也會逐漸減少，這也就是人體為什麼會衰老及患病的一個重要原因。然而在自然界中，由於人為污染和不良信息的干擾等原因，目前只有在地球的兩極與人煙稀少的高山峻嶺，才能找到具有六角形圖案的「生命活水」。而由李復興教授率先提出的「水退化」理論，在如今已引起聯合國衛生組織的高度重視。

那麼，我們有什麼辦法才能得到六角形的「生命活水」呢？首先應該肯定的一點是，目前用物理和化學手段是不好做到的。如用過濾及加化學藥品的方法雖可以去掉工業廢水的有害成份，但卻無法將被污染的水恢復到先天純水應有的六角形結構。因為被污染過的水，會導致其分子結構從有序狀態變為無序狀態，盡管進化後污染物不存在了，但由污染帶給水的有害信息卻任留在水中。科學家舉例說只要給水注入如「藥師咒」等一類的良性信息，就可很容易地改變水的分子結構。而這種難以理解的神秘方式，在當前已被許多科學家證明確實有效。

美國生物學家賴特曾經說過：「精神是普遍存在的，它不但存在於生物及它們的細胞中，而且也存在於原子、分子和基本粒子中。」早在上世紀的1994年，日本INM研究所的醫學博士江本勝通過攝影機觀察放大了的水結晶體時發現：當我們給水以感謝、神聖、關愛一類贊揚的美好語言、文字等信息時，水的結晶體是既美麗又規整的六角形狀。但當我們給水以咒罵、痛恨、及悲哀的信息時，水就會變成十分散亂、難看的結晶體。

更奇怪的是當科學家不用語言和文字而只用意念給水實驗時，水依然能夠感覺到給它好壞信息。科學家們又將水的樣本拿到寺院和教堂，結果發現經過誦經的水晶體形狀最為美麗。科學家們還將一鍋米飯煮熟後分別裝在兩個玻璃瓶中試驗，結果過了一段時間後發現：貼有感謝、友好字樣的瓶子米飯變成了微黃色，吃起來味道也要比以前好得多。單貼有憤怒、辱罵標簽瓶子的米飯不僅顏色完全變黑，而且還發出難聞的惡臭。江本勝博士最後說：經科學證實，人的意念和情感是完全可以改變水分子的結構，並且還可以影響到我們的身體，所以我們用藥師咒水可以改變病人病毒細胞為良性細胞。

2006年元月，俄羅斯生物研究所的科學家斯坦尼斯拉夫--澤寧和日本的江本勝博士合作，在對水的這種神奇特性研究後有發現：當他們將世界各地的自來水與各大洲的泉水及荒郊地下水比較觀察時發現絕大部分城市自來水的結晶體都顯示模糊不清、形態丑陋。而各大洲的泉水及荒郊地下水的結晶體，卻都是如寶石首飾那樣令人為之神注的六角形結構。另外科學家還發現，不論你用任何一個國家及民族的語言、文字，都可以使水的結晶體產生神奇的變化。科學家們還將個別具有不同形狀和重量的雪花晶體形狀和重量與融化前竟完全一樣。科學家們又讓水傾聽不同的樂曲，結果水也會以不同的結晶形態表達不同的感受。

持咒祈禱是我們向藥師佛祈求加被的一種常見手段，它既可以表達我們對藥師佛及菩薩們的一種尊崇，又可向被祈禱者傾訴或祈求信仰者的心願。大家知道：祈禱首先能夠擺脫我們在日常生活中所遇到種種不悅的消極情感，從而可得到精神上的寄托和安慰，但這只是起到作用中的極小部分。而當由祈禱者強烈信念產生的心力去感應藥師佛的悲願力時，還會產生出一種能力十分巨大的神力，從而就可以解除我們的痛苦及治療許多疾病。這種祈福活動確實是有效的，並且在這裡頭還包含有許許多多的科學道理。

據2003年4月14日《參考消息》報導：經科學證實，任何宗教形式都能帶來某種預想的效果。當我們長時間的向某一佛像和神像祈禱時這種有益的信息與求助者就會發生共振溝通，從而可治療某些疾病。

大家總是相信科學，現在大家可能會懂點由科學家來證明了藥師咒為什麼能治病的原理，大家可相信了吧！由此可見持咒治病不是像俗人所說是心理作用，而是真正治療！但修藥師密咒時，注意一定要與藥師佛悲願相應，與藥師佛放琉璃光相應。

——節錄自忠明法師《藥師法門略解》