一．設壇
    修持藥師如來法門之行者，應於佛壇上安置藥師琉璃光如來聖像．必須恭敬，清潔，不可亵渎．
佛前設香爐，兩邊安置供奉鮮花水果之瓶器，於前整齊排放四十九盞油燈，七盞亦可．
   二．禮敬
    焚香三柱，燃燈
    頂禮一拜，念誦：南無常住十方佛
    頂禮一拜，念誦：南無常住十方法
    頂禮一拜，念誦：南無常住十方僧
    頂禮三拜，念誦：南無本師釋迦摩尼佛（一拜一稱名號）
    頂禮三拜，念誦：南無藥師琉璃光如來（一拜一稱名號）
   三．贊歎
    禮敬拜畢，於佛前合掌長跪，唱贊偈：
    皈命滿月界，淨妙琉璃尊．
    法藥救人天，因中十二願．
    慈悲弘誓廣，願度眾含生．
    我今申贊揚，志心頭面禮．
   四．供養
    贊歎唱誦完畢，於佛前合掌長跪，唱誦供養偈：
    願此香花雲，遍滿十方界．
    一一諸佛土，無量香莊嚴．
    具足菩薩道，成就如來香．
   五.忏悔
    起立，頂禮一拜，再焚香三柱，唱誦忏悔偈：
    弟子某某，今於藥師琉璃光如來前，發願忏悔：
    我昔所造諸惡業，皆由無始貪嗔癡．
    從身語意之所生，一切我今皆忏悔．
    忏悔偈唱誦完畢之後，行者可自行述說自己將忏悔之內容．
   六．誦經
    讀誦＜藥師琉璃光如來本願經＞．
   七．持名
    先唱誦贊偈：
    藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫．
    無邊行願利有請，各遂所求皆不退．
    南無東方琉璃光世界，藥師琉璃光如來．
    接著持念＂南無藥師琉璃光如來＂名號一百零八遍．
   八.持咒與觀想
    行者頂禮三拜上座：誦藥師琉璃光如來真言．
    先誦大咒三遍：誦咒時，即觀想自己心際上有一輪明月，由頂穴而出，住於對面虛空上有一金黃色之咒輪，放出無量光芒，照射一切人，病苦皆除，受安隱樂．
    咒文：南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
    再誦小咒一百零八遍：
    咒文：嗡，虎魯，虎魯，戰孥裡，摩登耆．莎诃．
    誦咒與觀想宜於坐中進行，當按七支坐法安坐．
   九．回向發願
    弟子某某，願將所修功德，悉將回向．．．與法界眾生．願消三障，福慧增長，諸事遂順，同證菩提．
   十．下座
    焚香，頂禮三拜．即可下座出壇