叢林通常指禅宗寺院而言，故亦稱禅林，但後世教、律等各宗寺院也有仿照禅林制度而稱叢林的。中國禅宗從曹溪慧能後，四傳至於懷海，百余年間禅徒只以道相授受，多巖居穴處，或寄住律宗寺院。到了唐貞元、元和間（７８５—８０６），禅宗日盛，宗匠常聚徒多人於一處，修禅辦道。江西奉新百丈山懷海以禅眾聚處，尊卑不分，於說法住持，未合規制，於是折衷大小乘經律，創意別立禅居，此即叢林之始。叢林的意義，舊說是取喻草木之不亂生亂長，表示其中有規矩法度雲（《禅林寶訓音義》）。

　　叢林規模開始不大，到唐末五代之間，南方有發展。如洪諲住浙江徑山，道膺住江西雲居山，僧眾多至千數；義存住福州雪峰，冬夏禅徒更不減一千五百人（《宋高僧傳》卷十二）。入宋，叢林建置益臻完備，禅眾亦以集中居住為常，凡名德住持的叢林，都有千人以上。如宋太祖建隆二年（９６１），延壽自杭州靈隱移住同地永明寺（今淨慈寺），學侶多至二千（《景德傳燈錄》卷二十六）。

　　北方叢林，亦始盛於宋代。仁宗皇祐元年（１０４９），內侍李允寧施住宅創興禅席，仁宗給與寺額為十方淨因禅院。廬山圓通寺懷琏應命為住持，禅道大弘於汴京。神宗元豐五年（１０８２），又命京師（今開封）大相國寺，創立慧林、智海二大禅院，後都成為京師有名的禅林。至徽宗崇寧二年（１１０３），宗赜集《禅苑清規》時，叢林制度已燦然大備。宋室南渡以後，禅宗名僧輩出，所居叢林，皆極一時之盛。如克勤所住江西雲居山、宗杲所住浙江徑山、正覺所住泗州普照寺及明州天童寺，清了所住真州長蘆崇福寺等，其住眾常至千人以上。史彌遠因而請定江南禅寺為五山十剎（余杭徑山、杭州靈隱、淨慈、寧波天童、育王等寺為禅院五山。杭州中天竺、湖州道場、溫州江心、金華雙林、寧波雪窦、台州國清、福州雪峰、建康靈谷、蘇州萬壽、虎丘等寺為禅院十剎。見《七修類稿》），俾拾級而登，於是叢林制度遂遍行於江南，迄後世不衰。

　　叢林制度，最初只有方丈、法堂、僧堂和寮捨。以住持為一眾之主，非高其位則其道不嚴，故尊為長老，居於方丈。不立佛殿，唯建法堂（後世乃立佛殿）。所集禅眾無論多少，盡入僧堂，依受戒先後臘次安排。行普請法（集體勞動），無論上下，均令參加生產勞動以自給。又置十務（十職），謂之寮捨；每捨任用首領一人，管理多人事務，令各司其局（《景德傳燈錄》卷六《禅門規式》）。

　　在這以前寺院的首腦為三綱：即上座、寺主、維那（或稱都維那），都是領導大眾維持綱紀的職僧。上座以年德俱高，都是朝廷任命。如姚秦、元魏，常有命令補上座。唐道宣亦曾被命為西明寺上座，其位居寺主、維那之上。寺主知一寺之事。如後周陟岵寺、隋大興善寺等，皆有寺主。維那意為次第，謂知僧事之次第，或稱為悅眾；但後世常以悅眾為維那之副，其職有數人，以大、二、三、四等別之（《百丈清規證義記》卷六）。

　　至於叢林古規的職事，則有首座、殿主、藏主、莊主、典座、維那、監院、侍者等名目。如黃檗希運在池州南泉寺為首座、遵布衲為湖南藥山殿主、雪窦重顯為南岳福嚴寺藏主、南泉普願於莊上為莊主、沩山靈祐在江西百丈山為典座、克賓於河北魏府（今大名縣）興化寺為維那、玄則在法眼會下為監院（見元道泰《禅林類聚》第九）、興化存獎為臨濟義玄侍者等。

　　後世叢林組織日漸龐大，各寺家風不同，為住持者多因時制宜、自立職事，名目層出不窮。宋宗赜《禅苑清規》的序文說：‘莊嚴佛社，建立法幢，佛事門中，阙一不可。豈立法之貴繁，蓋隨機而設教’。在《禅苑清規》所載叢林職事名目即有二十三種。宗赜還撰了一篇《龜鏡文》（貳鹹《禅林備用清規》卷七稱之為《百丈龜鏡文》），概括地說明設立各種職事的必要。文雲：

　　‘叢林之設要之本為眾僧，是以開示眾僧故有長老，表儀眾僧故有首座，荷負眾僧故有監院，調和眾僧故有維那，供養眾僧故有典座，為眾僧作務故有直歲，為眾僧出納故有庫頭，為眾僧主典翰墨故有書狀，為眾僧守護聖教故有藏主，為眾僧迎待故有知客，為眾僧召請故有侍者，為眾僧看守衣缽故有寮主，為眾僧供侍湯藥故有堂主，為眾僧洗濯故有浴主，為眾僧御寒故有炭頭，為眾僧乞丐故有街坊化主，為眾僧執勞故有園頭、磨頭、莊主，為眾僧滌除故有淨頭，為眾僧給侍故有淨人’（《禅苑清規》卷八）。

　　以上制度，自宋以來通行甚久，少有更改。至於今日可行的，則根據元代《敕修百丈清規》更有增益，且分成東西兩序。東序序職（資格）有都監、監院等二十一員，列職（實職）有化主、庫頭等二十六員；西序序職有首座、西堂等十二員，列職有殿主、寮元等二十一員。細分職別可達八十種，可謂繁雜（見清儀潤《百丈清規證義記》）。

　　叢林職事人員之多寡，各依其規模建制大小而定。方丈為禅林正寢、住持所居之處，故稱寺主為方丈，他為全寺諸堂之頭，故又稱堂頭和尚。至西序的重要職員，則為首座（即古之上座）、西堂、後堂、堂主、書記、知藏、藏主、知客、寮元（雲水堂首領）等。東序為監院（即古之寺主，俗稱當家）、副寺（即知庫）、維那、悅眾、侍者、莊主等，是一般叢林所常設的。此外，列職各專一務者，還有飯頭、菜頭、火頭、水頭、碗頭（通稱行堂）、鐘頭、鼓頭、門頭、園頭、浴頭（亦稱知浴）、圊頭（即淨頭）、塔頭（亦稱塔主）、樹頭（巡視山林、栽補樹木）、柴頭、磨頭、茶頭、炭頭、爐頭、鍋頭、桶頭、燈頭、巡山、夜巡、香燈、司水（禅堂專任）、照客、聽用等。以上各種職事名稱，以等級分，可統稱為知事人員（一級）、主事人員（二級）和頭事人員（三級）。規模較小的叢林，即以主事兼知事。規模較大的叢林，則有很完備的組織。方丈之下有庫房、客堂、維那寮、衣缽寮四個機構（通稱四堂口），是為叢林的基本組織，重要寺務由住持會同首座等班首與四堂口首領共議進行。此外有首座寮以處上座名宿，有侍者寮以處初學新參，有行者寮以處雜務行者和童行，有眾寮（雲水堂）以臨時接待過往禅衲。又有蒙堂以處知事職僧以上退職人員，有單寮以處副寺以下退職人員，有延壽堂以處老病僧人，有莊田以供禅眾從事生產。各堂又各立規約以資遵守（參看本書《清規》條目）。

　　現今叢林，以其住持傳承的方式不同，又可分為子孫的與十方的兩類。本來從宋代起，叢林即有甲乙徒弟院、十方住持院、敕差住持院三種之分。甲乙徒弟院，是由自己所度的弟子輪流住持甲乙而傳者，略稱為甲乙院。十方住持院系公請諸方名宿住持，略稱為十方院。敕差住持院，是由朝廷給牒任命住持者，略稱為給碟院。甲乙院住持是一種師資相承的世襲制，故又稱為剃度叢林或子孫叢林。十方住持院由官吏監督的選舉，故稱為十方叢林。後世即大體沿用其制度，無大變動（現無其第三種）。

　　另外，十方叢林中依住持繼承制度的不同，還有選賢叢林與傳法叢林之分。有如鎮江金山寺名剎的住持，即是依法系相傳的，稱為傳法叢林；寧波天童寺自清末寄禅（敬安）重興後，改為十方選賢制度，稱為選賢叢林。１９２４年廈門南普陀寺改子孫叢林為十方選賢叢林，即依天童寺選賢方法，訂立‘十方常住規約’二十條。並規定選舉法、住持任期及進院退院等手續（《廈門南普陀寺志》）。這種選賢制度是叢林住持史上的一個進步。

　　關於叢林制度詳見於《百丈清規》和它的注書《百丈清規證義記》等。至於叢林中行事和古德風規，則有道融《叢林盛事》、慧彬《叢林公論》、慧洪《林間錄》、淨善《禅林寶訓》、無愠《山庵雜錄》等可資參考。