慈舟上人是湖北隨縣人。生於佛化家庭。俗姓梁。父諱禮簡，法名真法。母黃氏，法名寂智。父母皆是受過五戒的居士。上人幼年讀儒書，且隨父母學佛。因為自幼年就受了佛法的薰習，所以常常想要出家，雖然結了婚，實非所願。於二十四歲時開始教讀，當了十年儒師。在三十三歲時，真法居士西歸了。上人痛感人生之無常，於是決心出家！幸得慈母寂智居士之允許，乃與其妻室同時落發了。慈舟上人在隨縣佛垣寺，禮拜照元和尚為剃度師，起法名曰普海，慈舟乃上人之號。三十四歲冬期，於漢陽歸元寺大綸律師座下受具足戒。
慈舟上人說：「若能發真心出家，即是大孝子！我有一位同學戒塵法師，發心出家，也是偷走數次。最後一次，他父親大怒！竟將戒塵法師的腳打壞了！戒塵法師志願堅固，仍不退心，乘機又偷走，這一次成功了！出家數年，承三寶加被，跛腳全好了。後來成為一位行解相應的大法師」。
慈舟上人更有一奇特之事：上人雖曾結婚，但無子女；在上人這一“門”算是“絕戶”了，可是上人的叔兄那一“門”卻有五男一女。上人費了幾年的心力，把五個侄子一個侄女，統統度出了家。上人說：“不孝有三，無後為大”不是究竟之理；應當是“不孝有三，有後為大”。試想留下後代兒孫，除了“造業”以外，對於祖宗還有甚麼利益？所以上人把全家的人都度出家，名之曰“挖斷根”。是真超人之見地！