禅修的兩種主在障礙是昏沉及亢奮。昏沈是禅修的狀態變得非常沈重、不清、混濁、呆滯，有時候行者會昏昏欲睡，並感到很沉重及缺乏明性，這就是禅修的第一種障礙。第二種障礙是亢奮（或掉舉），亦即行者的心太過於興奮，有太多過去的念頭，或是思緒不斷且極為強烈，以致於心無法收攝。
比較詳細地討論起來，禅修有六種困難或障礙。第一是欲求過多。當行者在想：［啊，我想要快樂，我一定要快樂。我要去娛樂自己，我要去看這個或那個特定的節目］時，第一種障礙就產生了。或者，行者覺得自己應當是某種情況，或覺得深深被某種事物所吸引，這種情形本身不見得是禅修的障礙；但是，當它變得非常強烈，以致於行者的心一再地被它所盤據時，它就會妨礙禅修。例如，我們在想：［我想要擁有一棟很漂亮的房子］，然後不斷地在想像那棟房子的樣子，以及是如何建造的……等等。
第二種障礙是具有嗔恚心。嗔恚心就是想要傷害別人、設想如何反擊傷害自己的人、想說一些真正使人受挫的話……等等。這些念頭不一定是禅修的障礙，但是當它們變得頑強，且心時常被它所牽引，使得行者的禅修因而變得不穩定時，那麼它就成為一種障礙。
顯然，這些障礙是行者必須由內淨除的。這就是為什麼在每一座禅修開始時，我們都要先念誦<噶舉傳承祈請文>。祈請文中說道：［厭離輪回是禅修之足。］［厭離］的藏文是［賢洛（克）(shen lok）］，意思是［轉身離棄貪欲］或［棄欲求及貪欲於不顧］。如果行者想要奠定禅修的基礎，那麼，他就必須離棄盤占自心的貪欲。
有些人一聽到［賢洛（克）］（通常帶有對輪回的厭惡感）這個觀念時，就以為佛教徒必須穿著破舊的衣服、吃粗糙簡單的食物、住在破爛的屋子裡，並選擇到窮鄉僻壤之地生活。事實上，身為佛教徒並不意味著穿破衣服、吃粗劣的食物……等等。這意味沒有強烈的貪欲及［我真的必須擁有那樣東西，沒有它我就活不下去］、［我有權利擁有它，沒有它的生活是不合理的］的想法。這也表示沒有［這對我太重要了，我不能把它給別人，因為它對我的意義太大了］的想法。當欲望如此強烈時，它便成為修行的一種障礙。［賢洛（克）］或［厭離輪回］的原義是［離棄貪欲］，它的意思是擺脫那些欲望和執著，因為它們是使我們放不下、離不開的障礙。佛陀說過：
若沒有貪欲，擁有千層的大屋也沒有什麼不對；
　　若持有貪欲，縱使是對一間破舊的小泥屋的執著也必須放棄。
　　若沒有貪欲，擁有千兩的黃金也沒有什麼不對；
　　若持有貪欲，縱使是對一文不值的東西的執著也必須放棄。
所以，重點不在於外物本身或它們的價值，而是我們對這些外物的貪執及態度。
第三種禅修的障礙是昏沉；行者的心不清明或沉濁。第四種禅修的障礙是昏昏入睡；行者因為昏沉變得很嚴重而睡著了。第五種障礙是亢奮或掉舉；行者因為念頭的刺激力量而過於興奮。第六種障礙是追悔；行者對已經發生的某件事情感到很遺憾，因而在禅修當中不斷地追想這件事。
這些障礙時而會在禅修中出現。當它們突然出現時，行者首先要辨認它們到底是何種障礙，然後下定決心不要被它們所支配而離棄禅修。繼續禅修可以使行者超越這些障礙。例如，當行者對過去的某件事感到很悲傷或遺憾時，他在禅修中辨認出這種感覺的生起，因此想道：［啊，是的，今天我深深被這項遺憾所困擾，我必須以禅定的修持來克服它。］行者利用禅修來幫助自己擺脫這種不必要的追憾。如果行者懷著嗔恨，行者必須想：［是的，今天我有很多的嗔恨，我必須以禅修來超越嗔恨心，我要利用禅修幫助自己平息嗔恨心。］如果行者感覺到某一件事情有非常強烈的貪戀及執著，那時候他就想說：［今天我將要以禅修來去除這項障礙。］以這樣的方式來對治障礙禅修的煩惱，可以使行者逐漸減低這些煩惱對禅修的影響。
以上是禅修的六種主要障礙。其中最主要的是昏沉及亢奮。行者可以利用觀想的方法來克服這兩種最主要的障礙。當行者覺得非常昏沉、鈍滯、混濁及沉重時，可以思惟佛陀的功德、三寶、三摩地（samadhi）和禅定的特質……等等；也可以觀想自己心中有一個白色的光點，光點往上移到頭頂，並停留在頭頂一會兒——這可以幫助驅除昏沉。當問題在於亢奮時，行者必須把心放和緩一些。行者可以思考輪回的一切過患和痛苦，以及煩惱障所造成的一切問題；行者也可以觀想自己的心中有一個黑點，這個黑點緩緩地降落在禅坐墊中。這兩種技巧可以幫助行者克服昏沉及亢奮問題。
當我們開始學禅修時，做許多次短的禅修比做少數幾次長的禅修要好。這是很重要的！所以，試著很專注、很清新地禅修一小段時間，然後就停下來，休息一下以後，再做另一座短的禅修。每一座禅修都很短、很敏銳、很清明，每一次的經驗都很愉快。如果我們一座禅修的時間太久，會變得疲憊，禅修所導致的疲憊，對禅修能力的開展並沒有什麼幫助及益處，這就是初學禅修要做短的修持理由之一。此外，禅修的愉快經驗使我們很想再度禅修。如果我們體認到，禅坐一會兒便能得到清明及明晰感的益處，那麼，我們就會想要一再地禅坐，並使它更趨完美。一旦我們養成禅修的習慣，我們就可以開始逐漸地延長每一座禅修的時間，因而增加明性的覺受。當我們領略到禅定的滋味，並開始了解禅定到底是什麼時，我們就必須增長及開展那種禅定的境界。我們必須持續不斷地開展它，從一個程度的定靜提升到更高一個程度的定靜。有三件事情可以幫助我們做到這一點：將煩惱融入修行中、將快樂與哀傷融入修行中、將疾病融入修行中。
［將煩惱融入修行中］就是把貪執、嗔恚、愚癡、傲慢、嫉妒等煩惱轉化為善念及功德。其中，嗔恚或嗔怒是最強而有力的煩惱。當我們認為情況令人無法忍受時，我們覺得想要發脾氣、打人或對人怒吼。當我們受到嗔怒的影響時，應該試著直觀嗔怒，並且在嗔怒一生起時便試著去發掘它到底在何處：［這個嗔怒是從哪裡來的？它是從哪裡湧冒出來的？此時此刻，這個嗔怒在什麼地方？它到哪裡去了？］如果我們直接面對它，我們無法真正握住它或抓到它。我們覺得很憤怒，但是當我們去尋找它時，我們卻找不到它在哪裡。如果我們試著停留在這種無存在性、無法觸摸（及會晤）嗔怒本身的領域之內，我們的嗔怒應該就會減低一些。藉由學習停留在嗔怒無所起、無所住、無所去的無存在性境界中，經過一段時間之後，我們就逐漸能夠將嗔怒的力量自生活完全鏟除了。
我們可以用同樣的方式來處理貪欲、傲慢、嫉妒及其他所有的煩惱。每當我們去尋找煩惱的存在時，我們只能找到空性，並且經由努力地試著發掘它的本質而直接體認到這種空性。在經乘的方法中，行者對空性的了解主要來自推論及研究、調查的過程而開展的，依據的是邏輯、線索及精密的思考。最後，他根據諸如我們之前所談論到的長短問題的探究方式，得到［煩惱是空性的］的結論。經乘的行者透過這類的練習而使空性顯現。
金剛乘的方法則比較活潑、直接及實際。例如，當嗔怒升起時，嗔怒確實在那兒，當時，它非常強而有力。與其去分析及剖思它，不如直接面對它，並試圖發現：［你在哪裡？你從哪裡來的？］行者不去思考它而直接觀照它，結果，他只找到空性，而且很自然地體認到嗔怒的空性。這種處理情緒及煩惱的方式，往往記述於大成就者的證道歌（梵文［多哈dohas］）中。這些證道歌敘述嗔怒能夠變得多麼強烈及尖銳，同時也告訴行者如何利用嗔怒來了解空性；因為當行者直觀這種強烈及尖銳的嗔怒時，他自然會經驗到空性。
金剛乘直接體認的方式及經乘推論的方式，第三世噶瑪巴讓冏多傑（the Third Karmapa,Rangjung Dorje）在《大手印祈請文（The Prayer of Mahamudra）》（注7）裡都有所敘述：

　　事物之真相無法訴諸於存在
所以，他說煩惱或甚至心本身都不存在。當我們去尋找他們，它們永遠都無法找到它們的存在。接著，他又說：
縱使佛陀亦無法見到任何事物之真實存在性。
所以，這並不是存在或不存在的問題，因為縱使佛陀也看不到它的存在。另一方面，我們也無法說它是完全虛無的或不存在，因為所有的這一切事物構成輪回（不清淨層面）及涅盤（清淨層面）的基礎。我們是在輪回或涅盤之中取決於我們的心。因此，在這個祈請文的下一句裡，他說道：
這並不是不存在，因為輪回及涅盤的基礎存在於其中。
我們或許會認為，事物既不存在也不是不存在，那豈不是有些矛盾嗎？不，這並沒有矛盾，因為事物是介於其中的，是輪回及涅盤的融合，既不是存在的極端，也不是完全虛無的另一極端。所以，下一句是：
這並不是矛盾。這是融合，是中觀。
祈請文的最後一句是：
願超越任何極端之悟境——偏在之本質，一切事物之本質——能彰顯。
超越任何極端表示超越［四種極端］或［四種偏見］（four extremes)］及［八種知識障礙（eight intellectual complications）］。當我們開始談論不存在及非不存在時，或許會顯得有些奇怪，因為這並不容易理解。但是，就實際的修持而言，當我們開始禅修時，這些文字的全部意義會開始顯示出來，因為當我們發現事物的本質時，這些文字的真谛及意義就會變得很清晰。其實，開始定靜及內證力就是觀見事物的如如真相。有時候，我們的禅修進行得很好，因此我們會想道：［啊，我現在真的得到要領了，我終於成為一位真的很好的禅修者、一位很好的修行者了。］有時候，禅修進行得很差，我們就想說：［唉，沒有希望了。我已經完全失去禅修的技巧了。］這兩種態度都只是心的投射而已。不論我們覺得自己禅修得很好或很差，事物的究竟本質並沒有因此受到任何影響，它永遠都保持不變。我們不要被禅修覺受的［好］或［壞］所支配，只要繼續禅修下去。不論我們的覺受如何，我們都依然繼續下去。

結 語

我極力勸請大家，將了解這些法教所累積的功德，毫無私心地悉數回向給所有的眾生，願所有的眾生都能得到圓滿的證悟。