開山祖師慧遠大師，也是蓮宗（淨土宗）始祖。由於開山祖師慧遠大師的德風遠播，吸引了當時社會名流、文人雅士、達官貴人前來朝拜。並攜一百二十三位大德高賢不期而至締結白蓮社，專修念佛三昧，尅期取證，悉有往生瑞相。結社念佛之風也因此傳播開來，形成了集修行、學術、研究、交流、翻譯於一體的中國化佛教的大趨勢。據歷史記載，大師派遣弟子法領、法淨西行取經事跡，並有外來高僧佛陀跋陀羅等，來東林翻譯經典。東林寺是佛教淨土宗（又稱蓮宗）的發源地，對一些國家的佛教徒影響較大。
東林寺建寺者為名僧慧遠(334～416年)，俗姓賈，山西雁門樓煩(今山西寧武附近)人。他先在西林寺以東結“龍泉精捨”，後得江州刺史桓伊之助，籌建東林寺。慧遠在東林寺主持30余年，集聚沙門上千人，羅致中外學問僧123人結白蓮社，譯佛經、著教義、同修淨土之業，成為佛門淨土宗的始祖。晚年南游荊州，歷住江陵五層寺、琵琶寺。慧遠大師對釋、儒、道文化深谙其中，他將古印度文化和中國文化融會貫通，專弘淨土，潛護諸宗，成為當時南方佛教的領袖人物。遠公創建的白蓮社，使得念佛之風，很快的進入尋常百姓家，普渡廣大眾生。一時廬山東林寺成為南方的佛教中心。
與東林寺結緣的名流高士代不乏人,諸如劉遺民、謝靈運、陶淵明、佛陀跋陀羅尊者、孟浩然、智者大師、鑒真大師、韓愈、白居易、柳公權、李邕、王陽明、黃庭堅、周敦頤、王安石、蘇東坡、岳飛、陸游、范成大、王守仁、董其昌、王士祯、朱熹、康有為等等。
寺內文物甚多，諸如：唐代尊勝陀羅尼經幢（公元683年），為東林寺現存最古老的石刻；譯經台——昔日遠公請西域經師來東林寺譯經駐錫之地；柳公權殘碑；康有為題刻；李邕《東林寺碑》並序。聰明泉，出木池，護法力士,六朝松，謝靈運《廬山慧遠法師碑》，王陽明詩碑等。
如此深厚的文化遺產,形成了獨特的東林淨土文化。今天的淨土宗風所及已遍於世界。東林寺與日本、新加坡、美國、加拿大、馬來西亞等國家和港、澳、台地區佛教界來往頻繁，借淨宗文化搭建起一座對外交流的金橋，溝通著不同國家、地區、民族之間的聯系，澤被四方。
一般寺院的主殿稱為大雄寶殿，“大雄”是對佛祖釋迦牟尼的尊稱。佛有大力能伏“四魔”。但東林寺的主殿稱“神運寶殿”這是什麼緣故？相傳慧遠初到廬山西麓時，選擇結廬之處，認為東林寺址在叢林之中,無法結廬。打算移到香谷山去結廬。夜夢神告：“此處幽靜，足以棲佛”。是夜雷雨大作，狂風拔樹。翌日該地化為平地，池中多盛良木，作為建寺之材。“神運”之名，由此而來。
慧遠平時交游甚廣，但專志修行，影不出門，即使送客，也不超過寺前小溪，過溪則寺前護寺虎吼叫。有一天，慧遠與詩人陶潛、道士陸修靜談得投機，送別時竟越過小溪，護寺虎大聲吼叫，三人聞聲大笑。此即“虎溪三笑”。後慧遠將客廳改稱三笑堂。
寺前有“聰明之泉”。聰明泉原稱古龍泉。相傳慧遠初到廬山，擬擇地建寺。但不知何處為好。於是慧遠在此以杖叩地，井岡道：“若可居，當使朽壤抽泉”。言畢，清泉果然湧出。後遇大旱之年，慧遠在泉邊誦念《龍華經》，以祈甘霖降世，見神蛇騰泉而出，大雨即傾盆而下，此即古龍泉泉名之由來。江州刺史殷仲堪來寺，與慧遠談論《易經》於泉旁。殷仲堪博學善辯，口若懸河。慧遠非常欽佩他的口才，於是說：“君之辯如此泉湧”，從此古龍泉改稱聰明泉。今游人對聰明泉倍感興趣，往往投幣許願，成為一處人文景觀。
在東林寺，俗客可與僧眾共進素齋，嘗嘗做和尚的滋味。游客步入齋堂，男先女後，男居右，女居左，齊齊而坐，不能紊亂，不能出聲。食前由眾僧膜拜誦經，主持立於佛祖像前，其余僧眾左右排列，又是叩首，又是鼓樂，充滿了美妙莊嚴獨特的佛國氣氛。齋飯均為素品，但制作精細，別有滋味。食時不可有聲，不可剩余，添飯時以筷子示意，在碗內劃圈，自有專司添飯的和尚為你添飯。膳畢，碗筷擺放整齊，由侍立的憎人取去，僧眾又在主持的帶領下再膜拜誦經一番，之後向“俗客”道一番祝詞，然後退出齋堂。
唐代鑒真東渡扶桑的故事，恐怕盡人皆知，但了解鑒真到過東林寺的事未必都知。唐天寶元年（742年），鑒真在揚州大明寺為眾講律，日本僧榮睿和普照祈請東渡傳戒。鑒真接受邀請，六次東渡日本，最後一次取得成功。鑒真第五次東渡時在唐代天寶七年（748年）春，從揚州出發，經過無數險阻，竟被漂到海南島的振州（今崖縣），東行經萬安州（今萬寧），渡海至雷州。經廣西籐州、梧州至桂州（今桂林市）。是時雙目失明。天寶九年，經大庚至江西虔州、吉州，北行至江州（今九江市）。途經東林寺，在東林寺停留，與東林寺僧人智恩志同道合，最後一次東渡時智恩共行，將東林寺教義傳入日本。揚州高借鑒真東渡日本之前,曾來過東林寺,後偕東林寺僧智恩同渡日本,慧遠和東林淨土宗的教義也隨之傳人日本,至今日本東林教仍以廬山東林寺慧遠為始祖。
