改革開放以來，各級政府重視宗教工作，落實宗教政策，使該寺得以重放光彩。1994年由南雄市政府禮請當代禅宗大師、佛門泰斗本煥老和尚（上本下煥老和尚）發起重建，於1994年發起策劃籌備，並委派其徒印先、徒孫頓勇等人籌建，得到了政府及十方善信的大力支持，1996年11月8日在蓮社庵原址奠基重建，歷經五年多的籌建，至1999年12月全面落成。於2001年10月份舉行佛像開光大典，方丈升座。
學苑現有學僧五十余人、常住尼眾八十余人，且年輕有文化，部份是佛學院畢業生。在才僧管理方面，嚴格遵守叢林修學：上殿、過堂、誦經、上課、出坡勞動等，皆遵循古制，僧團生活教育均如法如律的進行，又結合現代的課堂教育。學苑特聘請了閩南佛學院本科畢業的四位法師擔任講師，開設了一系列的教內必修課。為提高教學質量，除此之外，學苑還開設了美術、書法、古代作品選等課堂。從而提高學僧的古代漢語閱讀、書法書寫和鑒賞水平。使培養出來的學僧達到修學並重、使之成為新世紀的合格僧才。並已開設“蓮開學佛講座”，每周日對在家信眾傳授佛學知識。
多年來該寺秉承祖德風范，夏季安居，冬季佛七。倡導以“持戒為本、淨土為歸”的修學宗旨。每日晨鐘暮鼓、朝晚課誦、誦經禮忏、聽經聞法、念佛坐香謹遵佛制，如法如儀、六和共住、住持正法、弘揚佛法、續佛慧命、弘法利生、莊嚴國土、利樂有情。
為培養弘揚佛法的後繼僧才，由方丈上本下煥老和尚於2003年春創辦了“蓮花尼眾學佛苑”，學修一體化，學院叢林化，旨在培養愛國愛教、解行並重、正信具足、具有一定佛學知識與實踐能力，立志從事佛教弘法事業的二十一世紀的佛教年輕尼眾接班人。同時，為了滿足廣大信眾求學佛法的需要，更好的了解佛法、認識佛教，方丈上本下煥老和尚倡導創辦“菩提樹”佛學夏令營活動，於每年夏季舉辦“菩提樹”夏令營，已成功的舉辦了數屆。此項弘法活動的開展，取得了良好的效果。
今日全寺尼眾在監院頓勇法師，知客頓光法師的帶領下，寺院管理建設更加完善、法務活動進行得更加順利。同時，在南雄市各級政府的大力支持和關懷下，也將進一步完善配套設施，在不久的將來，使之成為省內規模較大，布局完整的尼眾叢剎。
