能仁寺位於江蘇省漣水縣城中山路西首，距淮安市周恩來紀念館北約30公裡，南瀕碧波蕩漾的古黃河，東依風光旖旎的漣漪湖，西臨通貫南北的寧連高速公路，昔日譽為“漣水八大景點”之一。能仁寺始稱“文殊院”，後改“承天寺”（又名“承天院”），宋仁宗時易名為“能仁教寺”，簡稱“能仁寺”，此名一直沿用至今。該寺始建於唐初，距今至少有1400年歷史；寺內妙通塔，始建於公元1023年，至今已有980多年歷史。
能仁寺因妙通塔而譽滿天下，妙通塔因證因大師而名聞遐迩。據史料記載，宋真宗祥符三年（1010）五月，皇太子生，晝夜啼，诏天下能止啼者進宮診治，當時漣水承天寺有一位姓婁名守堅、自稱“道者”的高僧、藥師應诏，治好太子夜啼症，並為其指出致病的前因後果。真宗帝大喜，便賜號婁道者為“證因大師”，又賜以御偈、金器等物，偈曰：“慧目朗然，燭天之秘。保朕皇儲，以克永世。號稱證應，恩光爾被。”宋仁宗天聖元年（1023），仁宗登基，從太後處得知自己當年事，欲思報恩，可惜此時道者已圓寂。仁宗感其恩，遂敕其家鄉漣水建塔，以藏道者捨利。天聖八年，賜額其塔為“妙通”，改“承天寺”為“能仁教寺”，並加贈道者谥號“蹈寶華如來”。
據妙通塔地宮出土的《敕賜承天院造塔記》載，能仁寺祖師證因大師婁道者“一奉兩朝”，“入內供養”：一奉太宗皇帝，二奉真宗皇帝。圓寂後，仁宗皇帝又為其建妙通塔藏其捨利。一個僧人，受到三朝皇帝如此尊崇，實屬罕見！
據民國時期留下的妙通塔照及其地宮挖掘考證，其整體建築遵循宋代《營造法式》的規制，結構嚴謹精巧，用材簡潔合理，是中國傳統建築的樓閣式，高60多米，七級八面，內無寸木支柱，皆磚石砌成，巍峨雄偉，古樸凝重。地宮內的八角形塔基與藻井，方形宮室以及仿木建築的倚柱、斗拱等，都具有宋代的形制特征。其主體風格與河南鄭州開元寺塔基、河北定縣靜志寺塔基相近，屬於宋代早期建築。宋英宗治平四年（1067年），慶徽方將祖師證因大師的骨灰安葬於塔內。
妙通古塔建成後，能仁寺亦擴建整修一新，當時有大雄寶殿、臥佛殿、韋馱殿、藏經樓、觀音閣等，氣象雄闊，美輪美奂。由於妙通塔是皇家敕建，藏有高僧捨利，能仁寺也就成了蘇北一方著名的叢林，從宋到清，高僧雲集，群賢畢至，梵音余袅，香火鼎盛。明清時期著名禅宗大師嵩乳道密、南庵大依等都曾在這裡進行過佛事活動。蘇東坡、米南宮及歷代漕撫、知府等的游足絡繹不絕，文人墨客留下的詩詞歌賦不勝枚舉，如明朝詩人王啟運《七律.能仁寶塔》詩雲：“中拄漣城半壁天，曉昏青鎖萬家煙。西歸臥佛何時醒，百丈浮圖斗氣連。”妙通塔也在這濃厚的文化韻味和缭繞的香火中逐步融入漣水人的生活，成為古城的象征、漣水人的驕傲。
能仁寺跨越千載，歷經無數磨難。民國時期，戰亂頻仍。1948年7月，妙通塔不幸毀於戰火，能仁寺也因此隨之消失。
建國以後，漣水人民非常懷念這一千年古塔，海內外很多有識之士曾多次呼吁重建妙通塔，再現漣水昔日風采和曾有過的輝煌。二十世紀末，欣逢盛事，政通人和，漣水縣委、縣政府深入貫徹落實宗教信仰自由政策，順應民意，於1992年8月，批准在原址復建妙通塔、能仁寺，前後約用九年時間建成。1998年6月，挖掘妙通塔地宮，在塔下發現了佛牙影骨捨利、金棺、銀椁等佛教聖物，曾經轟動一時，為能仁寺帶來了佛教聖地的靈韻，天人合一的靈氣。
復建後的能仁寺占地48.8畝，總建築面積9645平方米。建築布局規整，左右對稱。主要建築分布在中軸線上，由南至北，依次是天王殿、妙通塔、大雄寶殿、臥佛殿、藏經樓、方丈樓。天王殿前是照壁，壁上嵌“慈航普渡”四個大字。山門（即天王殿正門）兩邊是能仁寺住持曙正法師親手題書的對聯：“童真入道安邦護國度群迷，菩薩化身輔正摧邪弘聖教”。門上方懸掛的“能仁寺”匾額，系已故中國佛協會長趙樸初題寫。寺院內，天王殿東側是鐘樓，西側是鼓樓。妙通塔東側有兩殿：南文殊殿，北觀音殿；西側有兩殿：南普賢殿，北地藏殿。大雄寶殿東側是伽藍殿，西側是祖師殿。臥佛殿東側為興漣閣(系漣水縣佛協辦公處)。藏經樓東側是法堂，西側是講堂。方丈樓東側是戒堂，西側是律堂。寺院內西側有圍牆相隔的是生活區。
復建的妙通塔塔基直徑22米，塔高68.88米，總建築面積1719平方米。地上七層，塔內置佛像及壁龛坐佛68尊；地下一層為地宮，面積400平方米，用於妙通塔地宮出土的宋代珍貴文物的展出。
大雄寶殿為寺院主殿，外觀高大敞亮，氣勢雄偉，飛檐翹起，優美威風。殿門柱上镌有楹聯：“普門示現證入甚深諸法性，梵宇重新度脫一切苦眾生。”階下置六牙白象一對。殿內正中供奉祖師釋迦牟尼佛，左邊東方淨琉璃世界藥師佛，右邊阿彌陀佛，各尊佛像總高9米。兩側供奉十八羅漢，像高兩米。佛像和羅漢像均采用傳統泥塑貼金工藝，面目豐潤，神態自若，簡練准確，色調明快。
寺院整體布局和諧緊湊，渾然一體，佛塔矗立，巍巍壯觀，寶剎宏偉，法相莊嚴，南瀕古黃河，東依漣漪湖，把自然生態和人文景觀有機結合起來。
2008年3月，經省、市政府宗教部門同意，淮安市佛協聘任曙正法師接任能仁寺住持。為續佛慧命，紹隆佛種，他高舉愛國愛教旗幟，以弘揚人間佛教思想為理念，努力踐行佛陀慈悲濟世精神。他帶領兩序大眾，首先做好僧團組建工作，完備合法手續，注重寺院規約制度的建立健全，制定了寺院管理規章和各項制度。各執事分工明確，各司其職，各盡其責。其次，發揚六和精神，廣結善緣，努力加強自身建設，注重對僧眾的培養和管理，定期舉辦各種佛教法務活動，正確引導佛教徒學習佛法、實踐佛法。建立教室，普及佛學基礎知識；設立念佛堂，組織僧眾念佛共修；開辦講經堂，舉辦水陸、皈依、祈福超度法會；禮請海內外高僧大德來寺參訪交流，加強與國內外各大寺院的聯系；邀請省內外書畫名家來寺舉辦書畫展，豐富寺院文化內涵,並編印內部《能仁》季刊；幾百次接待國家、省、市、縣各級領導及僧俗信眾、企業家、商人等來寺視察、參訪、禮佛和交流。其三，大力弘揚佛法，熱心社會公益事業，進行各項弘法利生活動。汶川大地震期間，組織僧侶信眾捐款捐物，支持災區人民；並多次到敬老院、貧困戶家問寒問暖，贈錢贈物。其四,加強基礎建設，創建模范道場。在能仁寺百廢待興、經費奇缺的情況下，曙正法師不辭勞苦，殚精竭慮地籌措資金。在一年多時間內，就塑造泥塑貼金佛像30余尊，雕刻匾額40多塊，定制佛前供桌，購置鐘鼓、石獅、木魚、六牙白象和辦公桌椅等，回填土方近4000方，移植樹種2000余株。並改建了六和院，建立了電腦室，裝修了僧人寮房，整治了寺院周邊環境，從而使聖跡重光，古寺重輝！
在做好以上各種准備後，於2008年11月15日，隆重舉行了能仁寺揭匾儀式；2008年下半年，由能仁寺住持曙正法師牽頭發起，在市、縣各級領導的支持和全縣佛教徒的共同努力下，經過幾個月的籌措准備，於2009年5月24日在能仁寺順利成立了漣水縣佛教協會，召開了全縣第一次代表大會。
法不孤起，仗緣方生。能仁寺、妙通塔復建後，經過二年的硬件和軟件建設，能仁寺已建成為具有一定規模和具備各項配套設施的僧信融和共有的道場。如今，四眾雲集，群賢畢至，晨鐘暮鼓，梵音高揚，充滿濃郁的佛教氣息，已初步具備佛像開光的要求，故由寺院向縣宗教部門提出申請，經市、省宗教部門批准，於2010年3月23日至25日隆重舉行寺院落成、全堂佛像開光暨曙正法師晉院升座系列慶典活動。期間，將首次舉行妙通塔地宮出土佛牙影骨捨利瞻禮供奉儀式，舉辦大型佛教書畫展，邀請著名法師開示，並舉行水陸法會熏壇儀式。這次慶典是能仁寺乃至漣水佛教史上第一次舉行兩岸四地的佛教活動，高僧聚匯，海眾雲集，因緣殊勝，人天歡喜，意義十分深遠。
能仁寺是漣水佛教斷層六十年後復建的漣水唯一寺院，它的興起，是漣水佛教史上劃時代的事件，標志著漣水佛教進入嶄新的階段。相信不久的將來，能仁寺一定會建成一個戒律嚴、道風正、環境好的模范叢林。 （妙 明）