1931年，中國氣候異常，江、淮、漢、運、閩、粵諸江河及黃河、東北各水紛紛泛濫。自4月下旬開始，全國各地陸續普降大雨，老天好像被捅了個特大的窟窿，傾盆大雨劈頭蓋臉地瘋狂傾瀉在大地上。這次水災之廣，幾乎遍及全國，面積占全國2/3以上，受災人數至少在5，000萬以上。今日之中華民族，實已瀕九死之絕境！水災後因饑餓、瘟疫而死的人達300多萬人。其中長江中下游發生大水災，淹沒良田2200多萬畝，造成災民2855萬，死亡14萬。國民黨中央在《為赈濟水災告全國同胞書》中所哀歎：“湯湯江漢，滔天未已。茫茫禹跡，沉沒堪虞。死者盡葬魚腹，生者淪為餓殍。斯誠國家之不幸，民族之奇災！”

面對如此大災，印光大師傾盡衣缽余資，竭力救災。陰歷六月，漢口初發水災，明道法師去上海，代大師向救災機構捐了一百圓。後來其水更大，又捐一百圓。靈巖山寺的法師們，竭盡余力，湊了一百二十余圓，送上海交漢口赈災會。

八月，江蘇大水，如揚州水災，有房未倒者，蛇與蜈蚣，均盤踞其上，人欲上房，亦不敢上，樹上亦然，可憐可憐。

十月初二日，江蘇水災義赈會，急電曹崧喬、袁孝谷前往江北辦赈，刻不容緩。隨即起行至揚，先會官紳，次設赈局，然後分頭調查各處受災狀況。隨即函電向蘇州，及各方慈善家呼吁，為災民請命，陸續得洋十伍萬左右。其單夾棉衣鞋襪等，或新或舊，共有十余萬件。棉被千余條。鍋巴藥品，為數甚多。

期間，曹崧喬居士打電報請大師勸捐，大師捐出印書洋一千元赈災。大師給袁孝谷、曹崧喬居士回信說：“昨日靈巖當家妙真師來，合寺大眾，減省衣單之費，共湊二百二十八圓。今日已令自送曹府，用赈江北。”介紹南京慈幼院，於十余日前，亦破圩而被水灌入，尚有二十余間房未灌。後又發水，則只十余間。院牆倒許多。所種棉花菜蔬，通被水淹。此次損失，亦頗不少。大師批評：“世之有錢者，尚不肯愍念災黎，可謂癡人。徒守錢財，以供子孫之浪費，是所謂棄功德而收罪過，為明眼人所憐愍者。其人來生，或恐遇災，並不逢人為救耳，可不哀哉，可不哀哉。”指出：“災民之苦，可謂至極，當令念佛，及念觀音，由此因緣，得種善根，亦是從根本救濟之一法也。”

當時，蘇州報國寺鄰近有江北災民茅篷數十個，一日發生大火，完全焚毀。災民大哭小喚，慘不忍聞。大師心中憫傷，即刻命弘化社辦事人員，調查災戶人數，計有九十余口。每人發給大洋三元。當時社中存款不多，竟將角子、銅元完全湊出，不留一文。辦事人員都以明日斷炊為慮，而不敢言。沒過多久，有綠衣郵差送信來，內有匯款百元，正好解了弘化社的燃眉之急。

大師曾經說：“人家供養我的錢，終要替人家造功德。決不留置私蓄，將來死了，被人家叫我是貪財鬼。”大師凡弟子供養香敬，多數用於印刷善書，及救濟善舉。其自奉之簡，感人至深。而大師卻自稱常慚愧僧，留下了不可磨滅的風范。