佛與眾生心體是一，而心之相用則天淵懸殊，由相用懸殊故，其所受用者，亦復天淵懸殊也。
佛則唯以無緣大慈，同體大悲，渡脫眾生為懷，了無人我彼此之心，縱度盡一切眾生，亦不見能度所度之相，故得福慧具足。為世間尊，眾生則唯以自私自利為事，雖父母兄弟之親，尚不能無彼此之相，況旁人世人乎哉，故其所感業報。故其所感業報，或生貧窮下賤或墮三途惡道，即令戒善禅定自修得生人天樂處，但以無大悲心，不能直契菩提。以致福報一盡，仍復墮落，可不哀哉。
是則唯欲利人者，正成就其自利，而唯欲自利者，乃適所以自害也，藥師如來本願經者，乃我釋迦世尊，愍念此界一切罪苦眾生，為說藥師如來因中果上，利生之事實，為究竟離苦得樂之無上妙法也。
眾生果能發慈悲喜捨之大菩提心，受持此經此咒及此佛名號，推其功效，尚可以豁破無明，圓成佛道，況其余種種果位，種種福樂乎哉，然在佛心固欲以無上覺道，全體授與一切眾生，而眾生智有淺深，固不得不隨其所樂，令彼所求各各如願也。
須知藥師一經及與佛號，並其神咒，即釋迦藥師所得之阿耨多羅三藐三菩提法，凡至誠受持者，即是以佛莊嚴而自莊嚴也。
故玉琳琇國師常持此經，及此佛號，以是禅教律淨之總持法門。故受持者或生淨琉璃世界或生極樂世界，待至豁破凡情，圓成聖智，則直契寂光，東西俱泯，而復東西歷然。隨願往生，則與彌陀、藥師同歸秘藏，是名諸佛甚深行處。
聖聰大師，以心安和尚所書之本，刻板流通，欲令受持者發起正信。祈簡明以告之，又此經系唐玄奘法師所譯，其八菩薩但舉其目，未標其名，說咒一段，又復缺略。後之知識，欲令經義完全，故依七佛本願經，添入說咒一段，共四百二十八字。依灌頂第十二經，添入八菩薩名，以三經原是一經故也。須知在昔，貝葉唯屬抄寫，或有遺亡以致譯文全缺互異，後人添入深契佛心，故諸注者鹹皆宗之，恐以藏本對校，致生疑慮，故略書緣起，以慶完璧雲。