密教中，表示佛、菩薩等諸尊所說真言之梵字。乃真言行者修字輪觀時所觀照者。又作種字、種子字。所以稱種子者，乃因其具有‘自一字可生多字，多字復可赅攝於一字’之意。故知‘種子’一詞，含有引生、攝持之義。例如合十字為一句，若以第一字為種子，則可依之引生下面九字所具有之觀智，同時此九字之意義亦可攝入第一字。密教即以此理表示若了知一法，即了知一切法;若了知一法空，即了知一切法空;若能於一字專注行觀，修諸行願，即能於一切行願皆得圓滿。

　　一般而言，種子具有三義，即：(一)了因義，譬如由煙而識火之體性;經由觀種子之字門，即可了知佛智。(二)生因義，譬如由谷類等之種子可生出根莖花果等;由種子可生三昧耶形。(三)本有義，意謂字門即諸法之根源，具足本來之性德，而可作為軌范者。以具足上述三義，故密教諸尊多以之為表征。

　　諸尊之種子，就來源而言，有下列數種：(一)較常見者，多采取真言之第一字，例如胎藏界大日如來之種子字，月天之種子字，水天之種子字。(二)以真言之中字為種子者，如地藏之種子字。(三)亦有采用真言之終字為種子者，如金剛界大日如來之種子字，釋迦之種子字。(四)取梵號以為種子者，如文殊之種子字，藥師之種子字。(五)取自與本誓相應之用語，如聖觀音之種子字，系取自samantamukha(普門)一語。(六)真言與梵號並取者，如阿彌陀佛之種子字。

　　除一尊各別之種子外，另有共通於此類諸尊之種子，稱為通種子，例如金剛界五部，各以其主尊(大日、阿閦、寶生、彌陀、不空成就)之種子為其各部之通種子。又種子並不限於諸尊所用，一切法門悉得建立種子，如五大各有其種子：地之種子為(阿字門)，水為(縛字門)，火為(啰字門)，風為(诃字門)，空為(佉字門)。此外，書寫種子之曼荼羅，稱為種子曼荼羅;以種子觀行，則稱種子觀。歷來有將密教經軌中諸尊之種子輯錄成諸尊種子真言集、種子集等。[仁王經道場念誦儀軌卷下、大日經疏卷一、卷六、卷十、卷十四]

　　即以此功德，莊嚴佛淨土。上報四重恩，下救三道苦。惟願見聞者，悉發菩提心。在世富貴全，往生極樂國。