僧肇的成篇著作，主要有〈般若無知論〉、〈物不遷論〉、〈不真空論〉等三論。羅什死後，他還寫過一篇〈涅槃無名論〉。這些文章，從劉宋·陸澄的《法論》起，就開始分別地記錄了(肇文散見於《法論》的十六門中)，後更各別單行。到了南朝陳代，這些論文被編成一部，其次第為︰〈物不遷論〉、〈不真空論〉、〈般若無知論〉、〈涅槃無名論〉，在四論之前又加上了〈宗本義〉，總名《肇論》。這種結構的形成以及其內在的聯系，在招提寺慧達寫的〈肇論疏序〉裡有所說明，可以參閱。這一部論，對於當時佛學裡的重要問題，如般若、涅槃等，都涉及到了。

其中〈涅槃無名論〉一篇的體裁、文筆，都和前幾篇不大相同，現代的人對它發生了懷疑，以為非僧肇作。首先由湯用彤先生的《漢魏兩晉南北朝佛教史》(1944年版，第二冊)提出此說，他的學生石峻寫文又加以補充論證。以後，奧人李華德英譯《肇論》(發表於燕京哈佛研究所的刊物)，也基本上贊同，但認為是後人對原著有所改動、增加，並非全屬偽托。湯先生懷疑的根據，除在內容上涉及後世發生的頓悟、漸悟問題外，還有文獻上的證明，如道宣的《大唐內典錄》中說︰‘涅槃無名九折十演論。無名子，今有其論，雲是肇作，然詞力浮薄，寄名烏有。’但是《內典錄》原文‘無名子’以下一段，是批評另外名為《無名子》的一書，與〈涅槃無名論〉無關，舊刻本(宋本)就一直把前後兩書分列的。因而此論是否僧肇所作，還可以研究。

《肇論》的思想以般若為中心，比較以前各家，理解深刻，而且能從認識論角度去闡述。這可以說，是得著羅什所傳龍樹學的精神的。他的說法也有局限之處，一方面他未能完全擺脫所受玄學的影響，不僅運用了玄學的詞句，思想上也與玄學劃不清界限。如在〈不真空論〉裡有這樣一些句子︰‘審一氣以觀化。’‘物我同根，是非一氣。’這就大同於玄學思想了。劉遺民看到這段話以後就有疑問，慧遠也解釋不了，於是致書僧肇，肇雖覆信作答，現在看還是說得不清楚。另一方面，當時羅什所傳大乘學說中，有些問題還難徹底解決，所以羅什在答慧遠問大乘要義時，一再表示，他沒有得到大乘毗昙，有些疑問一時還解說不清。這大概是指的宇宙論方面，印度大乘佛學對認識論很注意，但對宇宙論就不大注意，羅什本人也不理解，因此僧肇一碰到關於宇宙論問題，就會不知不覺地走進了玄學的圈子。這可說是由於羅什學說本身帶給僧肇的缺點。這一缺陷也影響到以後中國佛學的發展，使得不純粹的思想滲雜其間，從而更傾向於神秘化。

總的說來，僧肇已認識到，理解般若應該帶著辯證的意味，對名相、說法，都不能片面的看待。所謂‘諸法無定相’，語言文字所表白的法相，只能是片面的，決不能偏執它，看成是決定相。因此，怎樣從文字上完全理解真實意義，是有困難的。劉遺民的見解算是高明的了，可是他對僧肇的理論就有不懂的地方，所以僧肇答信說：

‘夫言跡之興，異途之所由生也。而言有所不言，跡有所不跡，是以善言言者求言所不能言，善跡跡者尋跡所不能跡。至理虛玄，擬心已差，況乃有言？恐所示轉遠，庶通心君子有以相期於文外耳。’

他認為，不管是用語言或其他的形象，要想把某種理論的深奧處完全表達出來，那是不可能的，所以理解上不應該受言跡的局限。這種說法，正是要人們辯證地去看待問題。現在我們分析《肇論》時，也要注意到這種具有辯證法因素的立論是貫穿於他的所有著作中的。

〈物不遷論〉，從題名看，似乎是反對佛家主張‘無常’的說法，但事實上並非如此。他之所謂‘不遷’，乃是針對小乘執著「無常’的人而說的。相傳是慧達所作的《肇論疏》，對這一層講得很好︰‘今不言遷，反言不遷者，立教(指肇論)本意，只為中根執無常教者說。故雲中人未分於存亡雲雲。’依佛家無常說，應該講遷，現在反講不遷，正是針對聲聞緣覺執著無常不懂得真正的意義者而言。論中引疑難者說︰‘聖人有言曰，人命逝速，速如川流(見《法句經》)，是以聲聞悟非常以成道，緣覺覺緣離以即真，苟萬動而非化(指遷流)，豈尋化以階道？’作者答︰‘復尋聖言，微隱難測，若動而靜，似去而留，可以神會，難以事求。是以言去不必去，閒人之常想；稱住不必住，釋人之所謂住耳。’防止人們執著「常’所以說‘去’；防止人們執著「無常’所以說‘住’。因此，說去不必就是去，稱住不必就是住。這就說明，僧肇之所謂不遷，並非主張常來反對無常，而是‘動靜未嘗異’的意思，決不能片面地去理解。

〈物不遷論〉的實際意義還在於反對小乘，特別是反對主張三世有的有部的說法。有部之說，法體恆有，三世恆有。說現在法有還容易懂；說過去、未來法有，就不是大家能接受的了。有部的論證是‘未來來現在，現在流過去’。三世法有的關鍵還是‘現在’。‘未來’法之有，是因為現在法由未來而來；‘過去’法之有，是因為現在法流入過去。諸法之有三世的區別，並非其體有異，僅是相用不同。換言之，他們只認為現象在變，法體並不變。因此，本論根據龍樹學‘不來亦不去’的理論，反對這種三世有的主張。所以論中一再提到‘不從今以至昔’(現在不會成為過去)的話，都是針對有部講的相用有異法體則一而作的破斥。

〈物不遷論〉中解釋無常用了‘物不遷’這樣一個新命題，〈不真空論〉解釋性空也用了另一個新命題︰‘不真空’。

甚麼是‘不真’？‘不真’指‘假名’。論內一再提到‘諸法假號不真’，‘故知萬物非真，假號久矣’。甚麼是‘空’？萬物從假名看來是不真，執著假名構畫出來的諸法自性當然是空。所謂‘不真空’就是‘不真’即‘空’。

僧肇用這樣一個新命題來講空，是糾正以前各家對性空的種種誤解。論中舉出當時關河流行的具有代表性的三家，並作了批判，他說︰‘故頃爾談論，至於虛空，每有不同。夫以不同而適同，有何物而可同哉！故眾論競作，而性莫同焉。何則？心無者，無心於萬物，萬物未嘗無。──此得在於神靜，失在於物虛。即色者，明色不自色，故雖色而非色也。──夫言色者，但當色即色，豈待色色而後為色哉？此直語色不自色，未領色之非色也。本無者，情尚於無多，觸言以賓無，故非有，有即無；非無，無亦無。──尋夫立文之本旨者，直以非有非真有，非無非真無耳。何必非有無此有，非無無彼無？此直好無之談；豈謂順通事實，即物之情哉！’當時三家講般若都以無解空，而對於‘無’和現象之‘有’的關系，各有不同的解釋。‘心無宗’對‘有’作絕對的看法，認為無心於萬物即是空，至於萬物本身是否為空，可以不管。‘即色宗’認為以色為色之色是空，換言之，即認識上的色為空，而色法本身還是存在的。這是相對的講空，同時也相對的講有。‘本無宗’以無為本，主張絕對的空。不但心是絕對的空，色也是絕對的空。

〈不真空論〉則把有與無兩個方面統一起來，對三家的說法一一予以批評。它說︰‘欲言其有，有非真生(因緣所生)；欲言其無，事象既形(顯示現象)。象形不即無，非真非實有。然則不真空義，顯於茲矣。’就是說，有是有其事象，無是無其自性。──自性不是事物本身固有的，而是假名所具有的。因此，假象之象非無，但所執自性為空，這就叫做不真空︰‘言有是為假有以明非無，藉無以辨非有，此事一稱二其文。’也可說是同一體的兩個不同方面。

〈不真空論〉關於性空就講到這種程度。僧肇在答劉遺民的信中，還有互相發明之處︰論是從境的方面講的，信是就觀照(般若)方面講的，可以相互補充。劉遺民的來信提到了三個問題，談到︰‘又雲宜先定聖心所以應會之道，為當唯照無相耶？為當鹹睹其變耶？’──這是問般若是僅觀到無相還是並看到事物的變化？換言之，般若是否既觀空又觀不真？僧肇答：

‘談者(指劉)似謂無相與變，其旨不一，睹變則異乎無相，照無相則失於撫會。然則，即真之義或有滯也。經(《大品經》)雲，色不異空(即是以空為本之色)，空不異色(即是以色為本之空)，色即是空，空即是色。若如來旨觀色空時，應一心見色，一心見空。若一心見色，則唯色非空；若一心見空，則唯空非色。然則空色兩陳，莫定其本也(即引經處所說之本)。’

劉遺民所問，好像無相與不真是不統一的兩件事，觀到不真即看不到空，看到空就不與現象發生聯系。這種困惑，出於不理解‘即真’(即‘不真即空’)的道理。由般若觀照的境，乃是‘色不異空，空不異色’，二者是統一的。而劉遺民認為，在同一時間內，見色不能見空，見空不能即色，從而無法正確地理解二者的關系。事實上，二者互相為本，是同一體上的兩個方面，在‘本’上統一起來的。

僧肇進一步指出，萬物本空，原來如此，並非人們主觀上給予的。他說︰‘即萬物之自虛，豈待宰割以求通哉？’宰割，指小乘分析而言。小乘講空，是‘析色明空’，以為事物由極微積成，經過分析，才見其為空無，這就是‘待宰割’以求空。說不真即空，就是講萬物原本是空，不待分析。所以他還說︰‘所以聖人乘千化而不變，履萬惑而常通者，以其即萬物之自虛，不假虛而虛也。’又說︰‘故經雲(中略)不動真際，為諸法立處，非離真而立處，立處即真也。’不需要變動實際，即諸法建立之處為真，這就是法性空。這種萬物自虛的思想對後來中國佛學的發展有巨大的影響，特別是禅宗，它們主張的立處即真(空)就徹底發揮了這一精神。

〈般若無知論〉，是僧肇在《大品經》譯出後寫作的，反映他初期對般若的理解。論文要點在解釋般若之作為無相與其無知的性質。論首先引經說︰‘《放光》雲，般若無所有相，無生滅相。《道行》雲，般若無所知，無所見。’般若有照物之用，似乎照即有所知，應有其相。現從兩方面分析般若的性質，說明其無知、無相的道理。

般若之能照，即在於無知；般若之所照，即在於無相。無知、無相，即‘虛其心，實其照’。因為心有所取相，就會有不全之處，若無所取相(‘不取’)，構成的知即是‘無知’、‘虛’。諸法看起來有種種形象，但都是建立在自性空上的，所以究竟還是‘無相’。照到‘無相’，就與實際相契合而成為‘無知’。〈般若無知論〉的要義不外於此。

以上是論一開始對無知、無相所作的分析。接著，它又分別設立了九層疑難，一一作了解答。文末總結說︰‘內有獨鑒之明(指能照)，外有萬法之實(指所照)。萬法雖實，然非照不得，內外相與以成其照功，此則聖所不能同，用也；內雖照而無知，外雖實而無相，內外寂然，相與俱無，此則聖所不能異，寂也。’般若照的功能，必須以能照所照互為條件才能實現。因而功能不同的，不能強使之同。這就照的‘用’一方面而說，但是，萬法無相，雖有所照而無執無知。故能照所照‘寂然’相同，不能強使之不同。這就照的‘寂’一方面而說。至於‘用’和‘寂’的關系，則是‘用即寂，寂即用，用寂體一，同出而異名，更無無用之寂而主於用也’。

這種虛心實照的思想，到了僧肇作〈不真空論〉時，還有補充︰‘誠以即物順通，故物莫之逆……’就是說，照事物那樣去認識事物︰事物原來無知、無相，所以也應以無知、無相來觀察它。

僧肇當時原有不少的典據可以用來作解釋，但是，他在文字上並沒有能徹底發揮，所以劉遺民、慧遠等對論文還是發生了疑問。僧肇答他們的信，也感到用語言不易完全表達，只能說‘相期於文外’。後來學者對於般若體用關系的解釋繼續有所發展，將般若自照的性質說成‘無分別’，而又不同於木石之無知和執心之無記等等，這樣，就比單純以‘無知’作解釋清楚得多了。

再後對般若還區分出‘根本智’和‘後得智’，前者觀事物之‘共相’，後者照事物之‘自相’；先有根本無分別，後有後得無分別。換句話說，‘自相’依據於‘共相’。‘共相’是空性，‘自相’則以空性為基礎。這樣用‘根本’、‘後得’來解釋般若的‘寂’‘照’關系，就更加好懂了。

最後，還在‘根本’、‘後得’中分了若干層次。其初對無分別智的運用是著意的，即有功能作用的；到了成熟的階段，就不用著意，可以任運自在。這個階段，相當於十地修習中的第八地。僧肇在〈般若無知論〉中講到的般若，就是在八地以上能夠任運後得智的階段。所以他說︰‘以聖心無知，故無所不知；不知之知，乃曰一切知。’不過，由於當時典據不明，要在文字上完全表達出來感覺困難，至於意義還是很明白的。

僧肇的〈涅槃無名論〉本來是據姚興和姚嵩問答涅槃所說的話加以發揮而成，論前〈奏秦王表〉即交代清楚。論文中也有糾正姚興所說的地方，不過因為是對待帝王，措辭委婉些罷了。

姚興對涅槃的看法有三點︰

(1)涅槃不應分為有余、無余二種，因為涅槃無神思，達到究竟，自不能再有區別。如有區別，就有名言，而涅槃則是離名言的。僧肇認為這只是問題的一方面，另方面應該看到得涅槃的人還有三乘的差異，因此所得涅槃也應該有區別。

(2)得涅槃理應有一過程，比方斷惑，要逐漸的斷，這就牽涉到了頓悟和漸悟的問題。一下子斷盡是頓，逐漸斷盡是漸。僧肇認為應該是先漸後頓。在八地以前是有階次的，到八地以上得無生法忍即可任運自在；因此，雖然般若本身是要達到無余(無名)，但就能得的方面說，還是有層次、有區別的。

(3)涅槃應該有得者，如果一切都空，那麼能得之人是誰呢？僧肇認為，這種看法也是人之常情，但實際上，如果理解了涅槃真義，就不會再產生這些分別。

僧肇學說的要點，見於《肇論》的大概如此。另外在《維摩诘經》的注釋中還有一些零星說法，與此論無甚出入。

羅什門下能傳其學的有多方面，有的傳《法華》，有的傳《涅槃》，有的傳《成實》等等。但以傳‘四論’或‘三論’來說，最純粹的當然還推僧肇。僧肇之後，傳承即無可考。此外，昙影曾注解《中論》，當時很有名，道融講《中論》也很受時人推崇，但他們的傳承，都無可考。