禅學是從佛學中升華出來的，是印度佛教傳入中國之後，與中國儒道之學融合的精華。它實際上是一門人類認識自心，發現自性進而探索宇宙與人生真理的科學。我們說禅學是一門科學，絕不是用科學來粉飾宗教，正是禅學從傳統佛教中超越出來，還其科學的本來面目。正象西方人把科學和哲學從神學中分離出來一樣（傳統的佛學已經被宗教化和神教化了）。
禅學作為認知科學的基本假設首先設定人與自然是不二的。人不但是自然界的一部分，而且人本身具足一切宇宙與自然的真理。在禅學的基本假設中，沒有主觀與客觀，唯心與唯物的斷然分離，並以中道來標明自己的認知體系。但是，禅學也認為，做為個體的人，從無始以來，由於承襲了心造作的業力和歷史文化的積澱，因而產生了無明，蒙蔽了原本的認知能力。這個過程，也就是當代人類所謂的進化過程。
人類越是進化，人類原來的認知能力就越是相對地丟失，或被掩蓋起來。因而產生了無明與煩惱。人在現代認知過程中，不斷地在延伸感官的認識力，即在眼、耳、鼻、舌、身、意上不斷用工具延伸其功能，以探索自然的真理。而禅學恰好相反，是通過特殊的修行，使人的認識能力不斷地返祖歸元，回復認識天然本能直覺真理。
禅學並不否認認知工具的延伸，它仍然是印證真理的有效途徑，也是人們普遍接受真理的方便之門。但是，禅學認為認知工具的加強與感官能力的延伸，並不能保證認識真理的正確性與可靠性。人類面對自然與社會都是通過感官來認識對象，從感性到經驗，從知性到理性。而這一切都並不究竟可靠，即便是被西方人推崇的理性，仍然是不可靠的，科學學說的發展史是在不斷否定前人理論的基礎上前進的，這恰恰說明了這一點。
那麼為什麼人的理性也不究竟呢?禅學認為，由於人承襲了遺傳、社會文化、學習、經驗、閱歷等等，使人形成了各種各樣的分別心和識，或叫作主觀性。這些認識體現在三個方面：一是人的潛在意識；二是有意識的常識經驗；是身體內形成的各種反映和反射，如抵抗病毒的記憶與識別等。
這一切使自心在直感宇宙人生的實相或真實狀態時，產生了知的障礙。這個障礙形成了認知屏蔽，使自心與實相不能構成直接感應的過程。或者說，把自心從真實的宇宙與人生中圈定出來，構成了一個假象的自我世界。也就是說每一個人，由於自己特定的生活形成了自己特定的認知系統。而這個系統只認知相對它能接受的那部分信息，這樣，就產生了人們認知過程中的偏執。這也是為什麼理性也不究竟的原因。
瑞士的科學家曾經做過這樣的試驗。他們首先測試了人對外界信息接受和不接受的心理反映。然後，他們制作了一個人的面具，面具有兩面，一面是凸出的正常人的臉，一面是凹進去的非正常的臉。他們把臉放在被測試人的眼前，測試者接受正常或經驗意義上的凸出一面的臉，而排斥凹進去的非正常的臉。然後，他們給其中一個受測試者注射了適量的毒品——瑪啡因；另一個放在一個黑盒子裡，並進行不規則的旋轉。中國道家也采用過類似的方法，他們用這兩種方式打破了人的認知系統。結果，在受測試者進入了混沌態，即暫時遺忘了經驗的時候，他們不但接受凸出的臉，而且也接受凹入的臉。更加意外的是受測試者出現了奇特的心理反應。他們感到了一個清澄寧靜的高速流變的世界，並且找不到了自身的存在。
瑞士科學家得出了一個結論：在每一個人的意識中，都存在著一個信息過濾系統，這個系統的形成是由人的遺傳，生活環境，學習以及生活經驗決定的，在人的認知過程中，這個信息過濾系統起到了一個屏蔽作用，它篩選外界的信息進入人的大腦——認識器官。它使符合於這個信息過濾系統要求的信息進入，而排斥不符合要求的信息，這也是產生人類認知差別的原因。也就是因為這個信息過濾系統的存在使人產生了偏見。偏知與成見並產生了人的煩惱。
當然，這個過濾系統是人類進化的產物，它的存在使人避免了許多的危險。比如該系統對宇宙中不利於人生存的各種波也有屏蔽作用。人類之所以只能感受到某一頻的聲音或色彩，而不能感受其他種宇宙射線或場的存在，也是這個信息過濾系統的作用,它被禅學比喻為心鏡上的塵埃。禅學的目的，正是要用特定的方法和訓練，使人善用這個信息過濾系統，直感宇宙與人生的實相。當然，打破不是消極意義上的，在自然與社會的生活中，人類同樣需要擁有這個系統的能力。而禅學訓練的目的，是使人在認知中建立自覺、自由，打破、重建並善用這個系統的能力，打破的那個瞬間，禅學叫作開悟。
人的自心或腦叫作人的知見力，就象是一個院子，它開有六個門徑，即：眼、耳、鼻、舌、身、意。而這個院子本身是在宇宙之中的，院牆就是人的所知障或心礙。即：偏見、偏知和成見。每一個門徑上，都有把守的士兵，士兵與門就成了那個信息過濾系統，它們以好惡、善惡、是非、成敗等標准決定著外部信息的進入和取捨。所以，無論門廊修得多遠，無論士兵多麼忠於職守，人的自心還是不能知見院外世界的全貌，這也就是理性的局限性的根源。禅學目的就是要打破院牆，撤去士兵，洞見宇宙真實狀態。在這種狀態下，才能直覺地證知宇宙與人生的真理，真實地感受自我與宇宙的一體，而真理也能直接地作用於人的自心，或者說真理與人的自心合一，感受到真理的完美和力量，產生慈、悲、喜、捨的道德良知的真實體驗。人與自然、人與社會、我與他、我與物的一切界線--分別心，就在直覺體驗的基礎上打破了。
所以，禅學的基本假設是：人與宇宙是不二的：由於人的身、口、意妄作的業力，使人產生了無明，蒙蔽了人的知見力，洞見不到宇宙的實相；人可以通過禅學的修煉，產生無漏的智慧，直覺宇宙的真理，這就是禅學的實證的過程。